Das Museum verfügt über 14 Ausstellungsräume mit einer Gesamtfläche von 620 qm. Neben der vorgeschichtlichen Archäologie werden Stadtgeschichte, Gemälde und sakrale Plastik ab 1500, Mobiliar, Volkskunde und eine mineralogisch-paläontologische Sammlung (Wetzler-Sammlung) präsentiert. Prunkstück eines Raumes, der dem 18. Jahrhundert gewidmet ist, ist eine aus einem Abbruchhaus hierher übertragene 16 qm große Stuckdecke aus dem frühen 18. Jahrhundert. Der Zugehörigkeit zum Haus Habsburg ist ein eigener Ausstellungsraum gewidmet, und nicht nur die Jüngsten unter den Museumsbesuchern werden sich über eine Spielzeugsammlung der Zeit um 1900 freuen. Dazu kommen noch zwei vollständig eingerichtete Biedermeierzimmer und ein Ausstellungsraum zur Präsentation der 4000 jährigen Besiedlung des Reisensburger Schloßberges.
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